Ganapathy terlibat dalam aktiviti politik dan menjadi sukarelawan dalam Tentera Kebangsaan India. Beliau kembali ke India sekitar tahun 1946 untuk mengambil bahagian dalam Persidangan Antara Asia yang diadakan dari 26 Mac hingga 2 April 1947 di Kubu Lama, Delhi. Persidangan itu dihoskan oleh Jawaharlal Nehru yang mengetuai pemerintahan sementara India. Mahatma Gandhi berucap pada majlis penutup pada 2 April 1947.[2]

S.A. Ganapathy, presiden pertama Gabungan Kesatuan Sekerja Pan Malayan (PMFTU) yang berjumlah 300,000 orang, digantung oleh pihak berkuasa British di Tanah Melayu pada 4 Mei 1949 setelah disabit kesalahan kerana disyaki memiliki senjata api.[3] Ganapathy dikatakan sedang dalam perjalanan ke polis untuk menyerahkan senjata api,[3] ketika dia ditangkap dan dijatuhkan hukuman gantung di Penjara Pudu, Kuala Lumpur.

Sekutu dan mentornya yang dekat, Guru Devan,[4] Anthonysamy, Arumugam Thevar dari Thambikkottai, Kittu Thevar dari Thambikottai Marvakkadu dan banyak lagi dihantar pulang ke India.

Selepas pelaksanaan Ganapathy, protes besar diadakan di Tamil Nadu.[5] Bekas Ketua Menteri Tamil Nadu M. Karunanithi menulis sebuah puisi berjudul "Kayertril Thongiya Ganapathi" sebagai membantah pelaksanaan Ganapathy.

S.A. Ganapathy dipercayai telah menulis surat kepada suami sepupunya, Ramu Thevar, tentang hukuman mati dan meminta mayatnya dikremasi. Malangnya kerana surat itu, Ramu ditangkap kerana disyaki dan ditahan di Pulau Jerejak selama dua bulan.[6] Setelah kematian Ganapathy, Sargunan dideportasi ke Tamil Nadu. Ahli keluarganya juga berpindah ke India.

Sebuah monumen kecil dibina oleh parti komunis tempatan di Jalan Tinggi Thambikkotai Vadakadu untuk Ganapathy. Abangnya, Sargunan, meninggal pada 2009 di Kampung Parakkalakottai, Pattukkottai Taluk, Tamil Nadu, S. India.